常見的有機肥發(fā)酵方式有4種：槽式發(fā)酵、條垛式發(fā)酵、高溫密閉發(fā)酵罐和納米膜覆蓋發(fā)酵。

槽式發(fā)酵需要建設(shè)地上式或者地下式的發(fā)酵槽，發(fā)酵槽兩邊的間隔墻上鋪設(shè)導(dǎo)軌，槽式翻拋機在導(dǎo)軌上行走，同時，系統(tǒng)設(shè)有換軌機構(gòu)來實現(xiàn)不同發(fā)酵槽間的轉(zhuǎn)換。槽式發(fā)酵具有單次處理量較大，設(shè)施設(shè)備投資高等特點，適合大規(guī)模的養(yǎng)殖場使用。

條垛式發(fā)酵不需要建造發(fā)酵槽，在硬化處理后的平地上，將糞污堆放成具有一定高度和寬度的條垛，條垛式翻拋機騎跨在條垛上，通過滾筒或絞龍轉(zhuǎn)動，將自然風(fēng)從料堆兩側(cè)送入料堆，提供氧氣，實現(xiàn)堆肥發(fā)酵。條垛式發(fā)酵設(shè)施投資少，條垛式翻拋機形式多樣，價位不一。

高溫密閉發(fā)酵罐式發(fā)酵是在一個溫度、通風(fēng)、攪拌均可實現(xiàn)人為控制的密閉發(fā)酵罐中進行，具有無臭味、發(fā)酵周期短，營養(yǎng)物質(zhì)損失少等優(yōu)勢，但發(fā)酵罐設(shè)備造價很高，單次處理量小，適合禽類養(yǎng)殖場。